W przyszłości woda pokryła znaczną część Ziemi ze względu na skutki globalnego ocieplenia. Osierocona Maia Mizuki, lat 15, właśnie ukończyła gimnazjum i już złożyła podanie o pracę w elitarnej paramilitarnej Agencji Oceanicznej, będącej częścią futurystycznego rządu światowego. Tylko najlepsi, najbardziej inteligentni i sprawni fizycznie studenci są uprawnieni do przyjęcia. Maia, bohaterka serii, ma zostać jedną z nielicznych.
Ale jej idealne życie szybko się rozpada. Ku swojemu rozczarowaniu, Maia niespodziewanie oblewa egzaminy wstępne. Co gorsza, natychmiast zostaje eksmitowana ze swojego domu, wzięta jako zakładniczka, a następnie prawie zastrzelona. Zostaje „uratowana” przez dwie kobiety (Rena i Shizuka), które są częścią niekonwencjonalnej organizacji pomocy do wynajęcia zwanej Nereids (inspirowanej greckimi mitologicznymi nereidami). Nie mając dokąd pójść, Maia dołącza do Nereidów, podejmując zadania od chwytania poszukiwanych przestępców po ściganie bezpańskich kotów, często z nieoczekiwanymi rezultatami. Gloria i Yu dołączają później do Nereid.
„Daphne” w tytule odnosi się do wątku, który zaczyna się w połowie serii i ostatecznie staje się ważny dla Mai. „Brilliant Blue” odnosi się do tego, że jest to świat pokryty wodą, prawie bez lądu. Świat składa się z rozległych oceanów, kilku wysp i pływających miast.